Сад основан в 1812 году известным русским ботаником X. X. Стевеном.

За прошлые годы он стал крупнейшим научно-исследовательским учреждением в области ботаники и растениеводства.

Не только в Крыму, но и на всем юге Украины трудно найти сады и парки, не связанные с Никитским ботаническим садом. 1828 году обустроили школу садоводства. В эти года сюда привезли магнолии и пальмы.
В 1896 году открывается Никитское училище виноделия и садоводства.
Под конец 19 века в саду насчитывалось большое количество виноградников, сад стает декоративным.
В 1912 году на честь столетия со дня основания открыли колоннаду возле входа и полностью благоустроили территорию.
В наше время в ботаническом саду Никиты около 100 тысяч гербарных листов, и множество видов экзотических растений.